L’intérêt principal du site est le Prasat Thom, un temple-montagne de 30 mètres de haut, s’élevant au-dessus de la plaine et les forêts alentour. Il s’agit d’un sanctuaire dédié à Siva, construit par Jayavarman IV au cœur de sa capitale.
C’est ici qu’apparaît pour la première fois la mention du culte du kamrateṅ jagat ta rāja/rājya (le devarāja de la fameuse inscription de Sdok Kak Thom), culte rendu à la divinité tutélaire de la royauté angkorienne, désignée également comme Śiva « Seigneur des trois mondes ».
Prasat Thom abritait des groupes sculptés qui comptent parmi les réalisations les plus abouties de l’art khmer et qui marquent une étape à la fois décisive et originale dans la genèse de l’iconographie narrative à l’époque angkorienne.
Loin des foules d’Angkor, Koh Ker donne à ses visiteurs l’impression que le temps s’y arrête dans un silence éternel.